El canal entre Faial y la isla de Pico canaliza corrientes ricas en nutrientes que sustentan una de las poblaciones de cetáceos más estables del Atlántico Norte. Se han registrado veinticuatro especies de ballenas y delfines en aguas de las Azores desde que comenzó el monitoreo sistemático en la década de 1980, con cachalotes presentes todo el año y especies de ballenas de barba —azul, común, sei— migrando entre abril y octubre. La tradición de la observación de ballenas en Horta surgió directamente del declive de la caza industrial de ballenas; los antiguos vigías, que antes se situaban en lo alto de los acantilados para avistar presas para los barcos arponeros, ahora comunican los avistamientos por radio a los operadores turísticos que parten de Marina da Horta.
El puerto deportivo en sí, un punto de paso histórico para los navegantes transatlánticos, sirve como centro logístico para los tours de observación de ballenas en Horta. Los operadores trabajan en estrecha colaboración con la unidad de investigación de cetáceos de la Universidad de las Azores, que mantiene una base de datos de fotoidentificación de décadas de antigüedad de cachalotes individuales, reconocidos por los patrones de la aleta caudal y las cicatrices dorsales. Muchos guías naturalistas tienen títulos en biología marina u oceanografía y narran los encuentros haciendo referencia a los estudios acústicos en curso y a los datos migratorios. La designación del Parque Marino de las Azores, establecido en 2011, impone protocolos de aproximación —las embarcaciones deben apagar los motores a menos de 50 metros, limitar la duración del encuentro a 30 minutos por grupo y ceder el paso a los animales que inicien el acercamiento—. El cumplimiento es casi universal entre los operadores autorizados.
Las excursiones de observación de ballenas en Horta y Faial suelen cubrir entre 15 y 25 millas náuticas, dependiendo de la información en tiempo real de los vigilantes transmitida desde las vigías costeras, históricas torres de vigilancia de piedra reconvertidas en puestos de observación. Los cachalotes, la especie emblemática del archipiélago, se sumergen a profundidades superiores a los 1000 metros en busca de calamares gigantes, saliendo a la superficie para respirar en ciclos predecibles que permiten una observación prolongada en la superficie. Los delfines comunes y mulares a menudo nadan en la estela de proa de los barcos turísticos, mientras que los delfines de Risso y las ballenas piloto prefieren zonas de alta mar más profundas. La primavera y el principio del verano traen ballenas de barba migratorias; las ballenas azules, los animales más grandes que jamás hayan existido, pasan por las aguas de las Azores en migraciones de alimentación hacia el norte, con sus cuerpos de 30 metros visibles desde la superficie. Las condiciones del mar son más tranquilas durante las salidas matutinas, y la frecuencia de los avistamientos —los operadores reportan tasas de éxito superiores al 95 por ciento— refleja tanto la densidad de las poblaciones residentes como la sofisticación de la red de vigías, un sistema con raíces en la caza de ballenas costera del siglo XIX que ahora sirve para la conservación y el ecoturismo.
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